ВООП сотрудничает сегодня со многими правительственными и неправительственными структурами, экологическими фондами, организациями и объединениями. Развитие профессионального партнерства и сотрудничества обеспечивает участие максимального количества лиц, небезразличных к проблемам охраны окружающей среды.

В настоящее время посредством плодотворного сотрудничества решаются следующие задачи:
•  Разработка и внедрение новых нормативно-правовых актов, природоохранных законов.
•  Законодательное закрепление ответственности водопользователей за нерациональное использование ресурсов.
•  Развитие сети государственного контроля за состоянием и загрязнением водных объектов.
•  Консультирование по внедрению в отраслях промышленности и жилищном секторе новых технологий, высокоточного оборудования.
•  Аккредитация поставщиков инновационных технологий и оборудования.
•  Привлечение бюджетных и внебюджетных средств для реализации проектов рационального водопользования, как на отдельных предприятиях, так и в отраслях в целом.
•  Поддержка социальных проектов, ориентированных на улучшение состояния водных объектов.
•  Информирование, образование и просвещение населения по вопросам, касающимся состояния и использования водных объектов.      
и многие другие.

ВООП рассматривает вопросы сотрудничества с субъектами природоохранной деятельности, поставщиками инновационных технологий и оборудования, экологическими фондами и организациями.